KAIJU N°8 raconte l'histoire de Kafka Hibino qui tente d'intégrer une équipe spéciale de défense chargée de protéger la population contre les Kaijus, des bêtes monstrueuses surgissant au milieu des gratte-ciel de Tokyo. Depuis son enfance, il rêvait avec Mina de combattre ensemble ces monstres avec la détermination de former un duo inséparable. Au fil des années, les deux amis ont finalement pris deux voies différentes : tandis que Mina est parvenue devenir une talentueuse capitaine des Forces de Défense, Kafka travaille pour une compagnie de nettoyage (Monster Sweeper Inc). Intervenant après les combats, sa mission n'a rien de réjouissant : éliminer les carcasses des Kaijus à moitié ensevelis sous les décombres des immeubles détruits. La trentaine passée, son destin bascule lorsqu'il ingurgite inopinément une créature volante qui lui confère de nouvelles aptitudes exceptionnelles.
